Rozwój diagnostyki immunologicznej doprowadził do poznania podstaw patogenetycznych wielu schorzeń człowieka, zdefiniowania tych schorzeń, śledzenia ich aktywności, leczenia oraz profilaktyki. Ocenia się, że schorzenia immunologicznie uwarunkowane dotyczą aż 10-20 % populacji i obejmują różnorodne stany nieadekwatnej odpowiedzi immunologicznej. Odpowiedź niedostateczna wynikająca z niedoboru odporności może prowadzić do ciężkich, uogólnionych, bądź miejscowych zakażeń.
Zaburzone mechanizmy regulacji odpowiedzi immunologicznej mogą być przyczyną nadmiernej reakcji na wszechobecne alergeny, bądź patologicznej reakcji na własne antygeny prowadząc do schorzeń autoimmunizacyjnych.
Ponadto pod kontrolą układu immunologicznego pozostają mechanizmy ciąży, rozwoju zarodkowego, a także powstawania nowotworów.

Diagnostyka immunologiczna wskazana jest, gdy występują niepowodzenia ciąży:
- niepłodność gdy mimo regularnego współżycia przez 12 miesięcy, bez stosowania metod zabezpieczających, nie zaistnieje ciąża lub dochodzi do poronienia
- poronienia nawykowe - występowanie kolejno trzech lub więcej strat ciąży (przed 20 tygodniem ciąży) z tym samym partnerem

Diagnostyka immunologiczna konieczna jest wtedy, gdy występują nawracające zakażenia ciężkie, uogólnione lub miejscowe, wymagające długotrwałej (powyżej 2 miesiące) antybiotykoterapii:
- 6 lub więcej zakażeń dróg oddechowych lub uszu w ciągu roku
- 2 lub więcej zapalenia zatok w ciągu roku
- 2 lub więcej zapalenia płuc w ciągu roku
- powtarzające się głębokie ropnie skórne lub narządowe
- powtarzające się grzybice jamy ustnej lub skóry
- konieczność długotrwałego stosowania antybiotyków dożylnych w celu opanowania zakażenia
- 2 lub więcej ciężkie zakażenia, takie jak mózgu, kości, skóry, posocznica
- zakażenia oportunistyczne – Pneumocystis carini, CMV, Candida
- zakażenia wirusem opryszczki lub ospy wietrznej przebiegające ciężko, z tendencją do uogólniania się
- wywiad osobniczy i rodzinny wskazujący na występowanie pierwotnych niedoborów odporności

Diagnostyka immunologiczna może być wskazana, gdy  występują następujące objawy:
- niejasne, utrzymujące się powiększenie węzłów chłonnych
- niejasne stany gorączkowe
- niejasna utrata masy ciała (powyżej 4 kg)
- niegojące się zmiany na błonach śluzowych jamy ustnej
- bóle, obrzęki przynajmniej dwóch stawów obwodowych
- zmiany skórne po ekspozycji na światło
- żółtaczka przebiegająca ze świądem skóry
- ropnie okołoodbytnicze
- niejasne, nawracające lub przewlekłe biegunki

Diagnostyka immunologiczna może być wskazana, gdy występują nieprawidłowe wyniki badań dodatkowych:
- anemia, małopłytkowość, leukopenia, eozynofilia
- brak wzrostu poziomu przeciwciał po szczepieniu np. przeciwko WZW typu B,
- utrzymująca się obecność białka w moczu
- wysoki opad
- obecność przeciwciał przeciwjądrowych

Diagnostyka immunologiczna może być wskazana, gdy rozpoznano wcześniej:
- nawracającą przynajmniej dwukrotnie zakrzepicę głęboką naczyń żylnych
- udar niedokrwienny szczególnie u osób młodych
- choroby tarczycy, cukrzyca typu I
- alergia pokarmowa, nietolerancja glutenu
- rozstrzenie oskrzeli szczególnie u osób młodych
- choroby z autoagresji 

Konsultacja immunologiczna wskazana:
- u chorych po usunięciu śledziony
- przed szczepieniami:
  > u chorych przyjmujących leki immunosupresyjne
  > u chorych po przeszczepach narządowych
  > u chorych po przeszczepie szpiku